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80%以上的沙眼衣原体感染患者可能是无症状的，但衣原体可引起组织损伤，特别是在女性生殖道，上升感染可引起盆腔炎，从而导致慢性盆腔疼痛、异位妊娠和输卵管因素不孕，这是一个复杂的过程，既包括急性感染引起的组织损伤，也包括宿主的免疫反应。在第二次和第三次发作后，该比率分别增加到18％和38％。近10%的盆腔炎后首次妊娠是异位妊娠。在一项大型社区研究中，未经治疗的衣原体感染妇女1年内发展为盆腔炎的发病率约为10%。随访时间较短的研究表明，沙眼衣原体试验阳性后2周内，未经治疗的妇女盆腔炎发生率为2％至3％。在大多数衣原体感染妇女中，炎症性疾病没有发生，要么是因为她们接受了有效的抗生素治疗，要么是因为自发性清除，这种情况发生在五分之一的感染妇女中。
衣原体筛查的基本目的是在无症状衣原体感染女性发生盆腔炎或其他生殖系统并发症之前发现她们。如果能够筛选人群够大，通过减少感染的暴露间接预防生殖并发症，减少感染的发生率和患病率。在一项涉及英国名性活跃的女大学生的研究中，她们被随机分为沙眼衣原体立即检测组（干预组）和1年后检测组（对照组），盆腔炎的发病率分别为1.3%和1.9%，在确诊（和治疗）衣原体感染的妇女中，干预组和对照组的盆腔炎发病率分别为1.6%和9.5%。
沙眼衣原体控制预防策略应包括一级预防战略：扩大筛查人群，二级预防战略：病例管理及并发症预防（病例确诊、治疗、性伴侣通知、健康建议、随访和监视），并建立监测和评价系统。
一级预防战略：扩大筛查人群
研究表明筛选年轻人，性活跃的女性衣原体通常具有成本效益，因为它可以预防盆腔炎及其后遗症，并由于早期发现和治疗而降低疾病流行率。在衣原体筛查未普及的国家，应扩大衣原体筛查的覆盖面，以更好地确定本地区衣原体感染的流行率和流行特征，同时加强对有症状的衣原体感染者的病例管理，以降低衣原体感染相关并发症的风险。
二级预防战略：从以发现感染病例为重点转向以减少并发症为重点
高收入国家衣原体控制工作的重点一直是扩大检测覆盖面，但在改善病例管理方面取得的进展较少。改善病例管理的重点包括有效的性伴侣通知措施和重新检测，以尽早发现重复感染并降低衣原体相关并发症的风险。随着时间的推移，监测系统可以改善对盆腔炎和其他衣原体相关并发症趋势的记录和监测。加强基础研究以进一步了解沙眼衣原体感染的自然史和免疫病理学，包括临床和亚临床输卵管感染、炎症和损伤的非侵入性检测方法的发展，以及发现预测上生殖道病理学的生物标志物。
性伴侣通知已被推荐为大多数性传播感染管理策略的一部分，包括综合征管理，以帮助阻断感染传播，防止潜在的再感染，并防止并发症。改善伴侣通知对控制衣原体至关重要。除了防止再感染和停止正在进行的传播外，对衣原体感染者的性伴侣进行检测和治疗对于病例发现是有效的。
各国关于复检间隔的指导方针各不相同：一些国家建议在确诊后3-6周内进行复查，而另一些国家则建议在3-6个月内进行复查以发现反复感染。一项数学模型研究表明，治疗后2-5个月的间隔可以优化重复感染的检测。
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